Dự toán kinh phí thực hiện nhiệm vụ là một phần không tách rời của thuyết minh nhiệm vụ (Mẫu C2.1a-TMHT). Đơn vị xây dựng dự toán kinh phí của các hoạt động thuộc Đề án 844 theo Thông tư 45/2019/TT-BTC Quy định về quản lý tài chính thực hiện Đề án “Hỗ trợ hệ sinh thái khởi nghiệp đổi mới sáng tạo quốc gia đến năm 2025” (Đề án 844) do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành.